1. Phân loại khoản thu và xác định loại hóa đơn, chứng từ

a) Khi bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ, bao gồm hoạt động cho thuê tài sản, đơn vị phải lập hóa đơn điện tử giao cho người mua theo khoản 1 Điều 4 Nghị định số 254/2026/NĐ-CP, trừ các trường hợp tại Điều 7 Nghị định này. Việc hàng hóa, dịch vụ thuộc đối tượng không chịu thuế giá trị gia tăng không mặc nhiên làm phát sinh quyền miễn lập hóa đơn.

Đối với khoản thu từ dịch vụ giáo dục, đào tạo, khám bệnh, chữa bệnh và dịch vụ sự nghiệp công khác được phép thu theo quy định, phải phân biệt tiền cung cấp dịch vụ với phí, lệ phí. Loại hóa đơn sử dụng được xác định theo Điều 8 Nghị định số 254/2026/NĐ-CP và phương pháp tính thuế của đơn vị; không dùng phiếu thu kế toán thay hóa đơn thuộc diện phải lập.

b) Đối với các khoản phí, lệ phí được thu theo pháp luật về phí và lệ phí, tổ chức thu lập biên lai thu phí, lệ phí; thời điểm lập là thời điểm thu tiền theo khoản 1 Điều 24 Nghị định số 254/2026/NĐ-CP. Việc sử dụng biên lai điện tử và biên lai giấy trong giai đoạn chuyển tiếp thực hiện theo mục 4 về chuyển đổi sử dụng biên lai điện tử tại hướng dẫn này.

c) Đối với bán, chuyển nhượng tài sản công, sử dụng hóa đơn điện tử bán tài sản công theo khoản 4 Điều 8 Nghị định số 254/2026/NĐ-CP. Hoạt động cho thuê tài sản không thuộc trường hợp sử dụng hóa đơn bán tài sản công này. Việc bán, cho thuê, liên doanh, liên kết bằng tài sản công phải thực hiện theo pháp luật về quản lý, sử dụng tài sản công.

d) Đối với kinh phí ngân sách cấp, khoản tài trợ, hỗ trợ, thu hộ, chi hộ và các khoản thu khác, phải xác định nội dung thực tế để lập chứng từ phù hợp. Khoản thu hộ không liên quan đến việc bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ của đơn vị thuộc trường hợp tại điểm c khoản 8 Điều 7 Nghị định số 254/2026/NĐ-CP thì không phải sử dụng hóa đơn điện tử; đơn vị lập, lưu giữ chứng từ theo pháp luật có liên quan. Không áp dụng ngoại lệ này cho tiền hàng hóa, dịch vụ do chính đơn vị cung cấp.

2. Thời điểm lập hóa đơn điện tử

Thực hiện theo Điều 9 Nghị định số 254/2026/NĐ-CP, trong đó:

- Bán hàng hóa: lập hóa đơn khi chuyển giao quyền sở hữu hoặc quyền sử dụng hàng hóa cho người mua, không phân biệt đã thu được tiền hay chưa thu được tiền.

- Cung cấp dịch vụ: lập hóa đơn khi hoàn thành cung cấp dịch vụ, không phân biệt đã thu được tiền hay chưa thu được tiền. Nếu thu tiền trước hoặc trong khi cung cấp dịch vụ thì lập hóa đơn tại thời điểm thu tiền, trừ khoản đặt cọc theo Bộ luật Dân sự để bảo đảm thực hiện hợp đồng cung cấp dịch vụ. Cần phân biệt đúng khoản đặt cọc bảo đảm thực hiện hợp đồng với khoản thanh toán trước tiền dịch vụ.

- Giao hàng nhiều lần hoặc bàn giao từng hạng mục, công đoạn dịch vụ: mỗi lần giao, bàn giao phải lập hóa đơn tương ứng với khối lượng, giá trị được giao, bàn giao.

- Cơ sở khám bệnh, chữa bệnh đáp ứng đầy đủ điều kiện tại điểm m khoản 4 Điều 9 về phần mềm quản lý, phiếu thu tiền và lưu trữ giao dịch trên hệ thống công nghệ thông tin được tổng hợp lập hóa đơn cuối ngày đối với dịch vụ y tế trong ngày khi người bệnh không có nhu cầu lấy hóa đơn; nếu người bệnh yêu cầu thì phải lập, giao hóa đơn. Đối với chi phí khám bệnh, chữa bệnh bảo hiểm y tế, lập hóa đơn cho cơ quan bảo hiểm xã hội tại thời điểm được cơ quan này thanh, quyết toán theo quy định tại điểm m nêu trên.

Các trường hợp đặc thù khác thực hiện theo khoản 4 Điều 9. Đơn vị phải theo dõi thời điểm phát sinh nghiệp vụ, không trì hoãn lập hóa đơn do chưa thu được tiền khi pháp luật đã xác định thời điểm phải lập.

3. Chứng từ khấu trừ thuế thu nhập cá nhân

Việc lập, giao chứng từ khấu trừ thuế thu nhập cá nhân điện tử thực hiện theo khoản 2 Điều 4 và Điều 24 Nghị định số 254/2026/NĐ-CP. Lưu ý:

- Cá nhân ủy quyền quyết toán thuế thì tổ chức khấu trừ không phải lập chứng từ khấu trừ thuế thu nhập cá nhân.

- Cá nhân không ký hợp đồng lao động hoặc ký hợp đồng lao động dưới 03 tháng: lập chứng từ cho từng lần khấu trừ hoặc một chứng từ cho nhiều lần khấu trừ trong một năm tính thuế khi cá nhân yêu cầu.

- Cá nhân ký hợp đồng lao động từ 03 tháng trở lên: chỉ lập một chứng từ khấu trừ thuế trong một năm tính thuế, trừ trường hợp ủy quyền quyết toán nêu trên. Các trường hợp không phải lập chứng từ quy định tại khoản 4 Điều 24 thực hiện theo khoản này.

4. Chuyển đổi sử dụng biên lai điện tử

Theo khoản 2 Điều 44 Nghị định số 254/2026/NĐ-CP, biên lai giấy theo hình thức tự in, đặt in theo Nghị định số 123/2020/NĐ-CP chưa sử dụng hết được tiếp tục sử dụng đến hết ngày 31/12/2026. Từ ngày 01/01/2027, toàn bộ biên lai giấy chưa sử dụng phải thực hiện tiêu hủy; tổ chức sử dụng biên lai giấy phải chuyển đổi sang biên lai điện tử theo định dạng chuẩn dữ liệu.

Các đơn vị đang sử dụng biên lai giấy cần kiểm kê số còn tồn, chủ động chuẩn bị điều kiện và hoàn thành chuyển đổi để sử dụng biên lai điện tử từ ngày 01/01/2027. Việc tiêu hủy và thông báo kết quả tiêu hủy thực hiện theo Điều 16 Thông tư số 91/2026/TT-BTC; gửi thông báo đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp chậm nhất 05 ngày làm việc kể từ ngày tiêu hủy.

5. Đăng ký sử dụng và quản lý dữ liệu

Trước khi sử dụng hóa đơn điện tử, chứng từ điện tử, đơn vị thuộc đối tượng sử dụng thực hiện đăng ký theo khoản 3 Điều 4 Nghị định số 254/2026/NĐ-CP. Đăng ký, thay đổi nội dung đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử thực hiện theo Điều 6 Thông tư số 91/2026/TT-BTC; đăng ký, thay đổi thông tin sử dụng chứng từ điện tử thực hiện theo Điều 17 Thông tư này.

Bố trí người phụ trách, chữ ký số, trang thiết bị và giải pháp kỹ thuật phù hợp; lập, giao, lưu trữ, tra cứu và chuyển dữ liệu hóa đơn, chứng từ đầy đủ, đúng thời hạn. Rà soát thông tin đăng ký khi có thay đổi do sắp xếp tổ chức, đổi tên, địa chỉ hoặc thông tin người đại diện để cập nhật theo quy định.

Thu Uyên