Năm 1991, Sở Tư pháp Hà Tĩnh được thành lập trên cơ sở tách ra từ Sở Tư pháp Nghệ Tĩnh. Năm 1994, Phòng Công chứng số I và Phòng Thi hành án được thành lập. Bốn năm sau (1998), Trung tâm Trợ giúp pháp lý Nhà nước và Trung tâm Dịch vụ bán đấu giá tài sản được thành lập. Năm 2002, UBND tỉnh quyết định thành lập Phòng Công chứng số II ở thị xã Hồng Lĩnh. Đến năm 2004, UBND tỉnh quyết định thành lập mới Phòng Xây dựng và kiểm tra văn bản, Thanh tra Sở, đồng thời sáp nhập Phòng Tổ chức cán bộ-đào tạo và Phòng Hành chính tổng hợp thành Văn phòng Sở. Năm 2007, theo Pháp lệnh Thi hành án dân sự sửa đổi thì Phòng Thi hành án tách khỏi Sở, thành lập Cơ quan Thi hành án dân sự (Nay là Cục Thi hành án dân sự tỉnh).

Thực hiện Thông tư liên tịch số 23/2014/TTLT-BTP-BNV ngày 22/12/2014 của liên bộ Tư pháp, Nội vụ, Sở Tư pháp đã tham mưu UBND tỉnh ban hành Quyết định số 16/2015/QĐ-UBND ngày 16/3/2015 quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Sở. Theo đó, có 11 Phòng, Trung tâm thuộc Sở, gồm: Văn phòng; Thanh tra; Phòng Xây dựng và Kiểm tra văn bản QPPL; Phòng Quản lý xử lý vi phạm hành chính và theo dõi thi hành văn bản QPPL; Phòng Phổ biến, giáo dục pháp luật; Phòng Hành chính tư pháp; Phòng Bổ trợ tư pháp; Phòng Kiểm soát thủ tục hành chính; Phòng Công chứng số I; Phòng Công chứng số II; Trung tâm Trợ giúp pháp lý Nhà nước tỉnh.